Shikamaru cũng chẳng thay đổi gì nhiều, cao lên một chút, vẫn lười biếng và hay càu nhàu, nhưng cậu đã có trách nhiệm nhiều hơn trong mọi việc, cậu thường hay phụ giúp Tsunade rất nhiều thứ. Cậu đã lên cấp Trung đẳng từ trước và chưa lên được Thượng đẳng. Cậu và Temari được chọn làm giám khảo cuộc thi Trung đẳng. Cá tính của Shikamaru đã thay đổi, cậu không còn cảm thấy chán nản khi thi hành nhiệm vụ nữa.

Trong trận đánh với Hidan và Kakuzu (2 thành viên của Akatsuki) tại 1 nhà vệ sinh công cộng, thầy Asuma dính phải lời nguyền của Hidan. Khi hắn tự mình đâm vào tim của mình cũng là lúc Asuma ở thời khắc cận kề cái chết. Trước khi trút hơi thở cuối cùng, Asuma nhắc nhở các thành viên của team 10 nên bỏ đức tính xấu của mình và nói với Shikamaru về ý nghĩa của quân Vua, Shikamaru không thể cứu nổi thầy. Tính cách của cậu thực sự thay đổi sau cái chết của thầy Asuma, mà cậu tự cho đó là do lỗi của cậu (nhưng trên thực tế không phải như vậy).

Shikamaru quyết tâm giết Hidan để trả thù cho thầy. Sau đó, Shikamaru, Choji, Ino và thầy Kakashi đã đi tìm Hidan và Kakuzu. Hidan là một trong những nhân vật điên cuồng, thô lỗ và giết người không gớm tay. Hắn luôn tỏ ra tự mãn, ngạo mạn mù quáng vì bản thân hắn có thể bất tử nên thường lao thẳng vào chiến đấu mà không thèm nghĩ gì đến chiến lược hay kế sách. Ngược lại, Shikamaru là là một người rất thông minh, bình tĩnh biết cân nhắc tình thế, đánh giá đối thủ và vạch ra chiến lược hoàn hảo trong mọi tình huống.

Sau lần đầu đụng độ Hidan và biết được năng lực của hắn cùng mối thù với kẻ đã giết chết thầy giáo của mình, Shikamaru đã nghĩ ra 1 phương án tuyệt vời để chống lại Hidan bằng cách lừa hắn vào bẫy rồi chôn sống hắn trong khu rừng của dòng họ mà không ai hay biết, trả thù cho thầy Asuma.

Giờ đây, Shikamaru còn 1 nhiệm vụ quan trọng nữa, đó là bảo vệ đứa trẻ trong bụng cô Kurenai, giọt máu của thầy Asuma, Shikamaru quyết tâm thay thầy nuôi nó lớn lên và đứa trẻ đó sẽ trở thành đệ tử của cậu. Quả thực cậu đã giữ được lời hứa với thầy. Kể từ ấy, cậu đã sang một nấc thang mới của cuộc sống, trưởng thành hơn, sắc bén hơn xưa.

Đặc biệt, khi nhớ tới người thầy yêu quý, cậu đã hút thuốc. Khói thuốc tỏa ra như một màn sương ảo, trong đó là những ý niệm về người thầy Asuma đã giúp đỡ cậu trong con đường trưởng thành, đã luôn cho cậu những bài học quý, những kinh nghiệm chiến đấu. Hình ảnh ánh lửa trong điếu thuốc như một hình ảnh ẩn dụ, dù là ánh lửa bé bỏng nhưng cũng là tia hi vọng là niềm tin để ta phấn đấu hơn nữa. Đó là một người thầy trân quý mà ai cũng mong có được, là người thầy tuyệt vời với mọi ninja.

Đại chiến Ninja lần thứ tư:

Madara (Tobi) tuyên chiến với ngũ đại quốc, đại chiến ninja lần thứ tư nổ ra. Ngũ đại quốc đã ký kết liên minh bởi sự chấp thuận của lãnh chúa 5 quốc gia của 5 làng.

Nara Shikamaru đã được xếp vào Sư đoàn 4 - Sư đoàn Tầm Xa, tướng quân của sư đoàn là Gaara .

Sau trận Đại Chiến Ninja lần thứ tư, anh là quân sư chính của Hokage Đệ Thất Uzumaki Naruto.